2199년, 시스템이 인간을 지배하는 세상. 인간들은 태어나자마자 인공 자궁 안에 갇혀 기계들의 생명 연장을 위한 에너지로 사용되고 뇌세포에 매트릭스라는 프로그램을 입력 당해 평생 기계에 의해 설정된 가상 현실을 살아간다. 가상 현실의 꿈에서 깨어난 인간들은 '시온'이라는 세상을 건설하고 인류를 구원할 영웅 '그'를 찾아 나선다. 마침내 발견한 '그'는 낮에는 평범한 회사원으로 밤에는 '네오'라는 이름으로 컴퓨터 해킹을 하는 컴퓨터 프로그래머, 토마스 앤더슨(키아누 리브스). 앤더슨은 트리니티(캐리 앤 모스)라는 여인에게 이끌려 매트릭스 밖의 우주를 만나면서 모든 진실과 직면하게 된다. 숨겨진 진실을 알게 된 앤더슨은 이제 '네오'라는 이름으로 인류를 구원해야 하는 자신의 운명을 받아들이게 된다.
